เพราะความสงบสุขและความก้าวหน้า เหล่าผู้อยู่อาศัยในหมู่บ้านนินจาโคโนฮะจึงเพิ่มจำนวนมากขึ้น และไลฟ์สไตล์ของนินจาก็เปลี่ยนแปลงไปเรื่อยๆ โบรูโตะ ลูกชายของหัวหน้าหมู่บ้านคนที่เจ็ด อย่างอุซึมากิ นารูโตะ ได้ศึกษาเล่าเรียนอยู่ที่โรงเรียนนินจา ที่ที่เขาได้พบกับคู่หูคนใหม่ แล้วพวกเขาจะสู้กับเหล่าเหตุการณ์ลึกลับที่เกิดขึ้นในหมู่บ้านได้ยังไงกันนะ เรื่องราวของอุซึมากิ โบรูโตะ ที่ทำให้หัวใจของทุกคนเต้นตึกตักราวกับมีลมพัดเข้ามาอย่างรวดเร็วได้เริ่มขึ้นแล้ว!