ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน คุโด้ ชินอิจิ นักสืบนักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีที่แอบชอบลูกสาวของโมริ โคโกโร่ ที่ชื่อ โมริ รันซึ่งคุโด้ ชินอิจิถูกขนานนามว่า “ยอดนักสืบแห่งปีเฮย์เซย์” ได้แอบดูการเจรจาลับของชายชุดดำ โดยไม่ระวังว่าชายชุดดำอีกคนได้แอบลอบทำร้ายด้านหลัง แล้วถูกจับกรอกยาพิษที่ระบุว่าถูกผลิตภายในองค์กรของพวกเขา แต่ยาพิษนั้นกลับทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงจนกลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบและเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น เอโดงาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือของดร.อากาสะ ฮิโรชิ