วันนึงหญิงสาวนาม จิโยเมะ เฮโซกะคูเระ พร้อมเด็กชายนาม ชินโซ ได้เดินทางมาพบครอบครัวโนฮาร่าที่บ้าน เพื่อบอกกับฮิโรชิและมิซาเอะว่าตัวของเธอนั้นคือแม่ที่แท้จริงของชินจัง!? แม้จะสร้างความประหลาดใจให้กับทุกคน แต่ครอบครัวโนฮาระก็ไม่อาจที่จะขับไสไล่ส่งเธอไปได้ จึงยินยอมให้เธอพักอาศัยด้วยหนึ่งคืน ในคืนนั้นเองกองทัพนินจาลึกลับได้บุกเข้าจู่โจม ทำให้ทั้งจิโยเมะและชินจังหายตัวไปอย่างลึกลับ ณ หมู่บ้านนินจาตระกูลเฮโซกะคูเระ กำลังทำหน้าที่ปกป้อง "สะดือโลก" ด้วยทองคำบริสุทธ์และวิชานินจาโบราณที่ตกทอดจากรุ่นสู่รุ่น เนื่องจากหาก "สะดือโลก" เกิดหลุดออกมานั้นโลกจะถึงกาลวิบัติ ฤดูกาลจะจบสิ้น และวันพรุ่งนี้จะสูญหายไปตลอดกาล ชินจังที่ถูกลักพาตัวยังหมู่บ้านนินจาแห่งนี้จึงต้องเปิดเผยชาติกำเนิดที่แท้ทรูเพื่อปกป้องอนาคตของโลก รวมถึงวันพรุ่งนี้ของครอบครัว ให้....จง….ได้