ตอนนี้นินจาก็ยังมีอยู่ในญี่ปุ่น ซึ่งจำนวนคือ 200,000 โดยประมาณ "NIN (National Intelligence of NINJA)" องค์กรนินจาอิสระที่ไม่ได้อยู่ภายใต้การควบคุมโดยพลเรือนของรัฐ สมาชิกแนวหน้าขององค์กรต่างก็มีส่วนร่วมในปฏิบัติการลอบสังหารและการก่อวินาศกรรมอย่างลับ ๆ และยังมีองค์กรนินจาอีกองค์กรที่เป็นปฏิปักษ์กับ "NIN" อยู่ เรียกว่า "UN (UNDER NINJA)" นินจาปะทะนินจา――อะไรคือสิ่งที่รออยู่ที่ปลายทางของการต่อสู้ภายใต้เงามืดนี้?