"โชกุน" มีเรื่องราวเกิดขึ้นในระบบศักดินาของญี่ปุ่นในช่วงทศวรรษปี 1600 ในช่วงเริ่มต้นของยุทธการที่เซกิงาฮาระ ขณะที่การล้อมของศัตรูเข้าใกล้ลอร์ด Yoshii Toranaga ผู้บัญชาการทหารที่แข็งแกร่งที่สุดในยุค Sengoku นักเดินเรือชาวอังกฤษชื่อ James Blackthorne ซึ่งมาพร้อมกับความลับที่สามารถช่วยเขาจากสถานการณ์ที่ยากลำบากได้ล่องลอยขึ้นฝั่งเข้าสู่ดินแดนของเขา โทรานากะสั่งให้มาริโกะ หญิงสูงศักดิ์ทางศาสนาผู้ลึกลับที่สามารถพูดภาษาอังกฤษได้ ให้แปลเรื่องแบล็คธอร์น (ซึ่งต่อมาเป็นที่รู้จักในชื่ออันจิน) และความผูกพันก็เริ่มก่อตัวขึ้นระหว่างทั้งสอง ในขณะที่สงครามยังคงดำเนินต่อไป ชะตากรรมของพวกเขาก็เกี่ยวพันกันในขณะที่พวกเขานำทางท่ามกลางภูมิทัศน์ทางการเมืองที่ทรยศ ขณะเดียวกันก็ติดอยู่ในการแย่งชิงอำนาจระหว่างไดเมียวที่ทรงพลังที่สุดสองคน