คุโด้ ชินอิจิ ยอดนักสืบ ม.ปลายผู้ที่ชื่นชอบการแก้ไขปริศนา คดีต่างๆ เป็นชีวิตจิตใจ มีแฟนสาวที่ชื่อ โมริ รัน ซึ่งเป็นลูกสาวของ นักสืบ โมริ โคโกโร่ วันนึง ชินอิจิ ได้เข้า ไปพัวพันกับ กลุ่ม ชายชุดดำ ทำให้เขา โดนจับกินยาทำให้ ตัวเข้ากลายเป็นเด็ก จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น เอโดงาวะ โคนัน จากนั้น เขาได้ไปอยู่ โมริ โคโกโร่ และ ได้ใช้อุปกรณ์ที่ ดร.อากาสะ ฮิโรชิ ช่วนในการแก้ไขคดีต่างๆ ผ่านตัวแทน ทำให้ โมริ โคโกโร่ โด่งดังมากจนได้ฉายาว่า “โคโกโร่ นิทรา” โดยตลอดเวลา เขาต้องการที่จพตามหา แก๊งค์ชายชุดดำ และเปิดเผยความจริง โดยมี มิยาโนะ ชิโฮะหรือไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกองค์กรชุดดำ คอยให้ความช่วยเหลือ โคนัน มีเพื่อนๆใน ชั้นเรียนใหม่ เช่น โยชิดะ อายูมิ, ซึบุรายะ มิซึฮิโกะ, และโคจิมะ เก็นตะ อย่างไรก็ดียอดนักสืบจิ๋วโคนันเป็นการ์ตูนเรื่องยาวที่มีการดำเนินเรื่องราวคดี, ความสัมพันธ์และความรักของตัวละคร, และองค์กรชุดดำที่ดำเนินไปอย่างช้าๆ โดยยังไม่มีการกล่าวถึงตอนจบแต่ประการใด