จับความต่อจากภาคที่แล้ว หลังจากเกิดเหตุระเบิดขึ้นกับยานลำอื่นๆ ผู้มีชีวิตรอดคนเดียวที่ค้นพบก็คือเบน แต่ไม่มีใครล่วงรู้เลยว่าภายในตัวเบนนั้นถูกยึดครองอย่างเต็มที่แล้วจากสมิธ ซึ่งต้องการจะตามแก้แค้นนีโอไปทุกที่ ฝ่ายนีโอนั้นหลังจากทราบความจริงอันน่าตกตะลึงจากสถาปนิกผู้ให้กำเนิดเมทริกซ์แล้วก็ยิ่งสงสัยในทางที่ตนควรจะเดินอีก ขณะเดียวกัน ทางไซออนก็แจ้งมาว่าเครื่องจักรนั้นบุกถึงเมืองแล้ว และชาวเมืองก็ต้องรวมกำลังกันต่อต้านอย่างเต็มที่ มอร์เฟียสและพรรคพวกต้องรีบกลับเมืองให้เร็วที่สุดเพื่อเป็นกำลังสำคัญ แต่นีโอกลับเลือกจะไปยังแหล่งกำเนิดที่แท้จริงนั่นก็คือเมืองของเครื่องจักร