หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 ที่หมู่เกาะเฟรนช์โปลินีเซีย กลางมหาสมุทรแปซิฟิก กองทัพฝรั่งเศสได้มีการทดลองระเบิดนิวเคลียร์หลายต่อหลายครั้ง จนทำให้สัตว์และธรรมชาติที่อยู่บริเวณนั้นได้รับผลกระทบ และทำให้อีกัวนาตัวหนึ่งได้หลบหนีและกลายพันธุ์ไป หลายปีผ่านไป เรือประมงสัญชาติญี่ปุ่นลำหนึ่งถูกโจมตีด้วยสัตว์ประหลาดขนาดยักษ์กลางมหาสมุทร มีผู้รอดชีวิตเพียงคนเดียวเท่านั้น รัฐบาลฝรั่งเศสจึงได้ส่ง ฟิลิปป์ โรช (ฌอง เรโน) เจ้าหน้าที่ทางการทหารมาสอบถามจากผู้รอดชีวิต ที่เอาแต่บ่นพึมพัมว่า "โกจิร่า โกจิร่า" (Gojira แปลว่า มังกรทะเล) ขณะเดียวกัน ดร.นิค ทาโทปูลอส (แมทธิว บรอดเดอริค) นักวิทยาศาสตร์ได้ถูกเชิญไปที่เกาะกลางมหาสมุทรแปซิฟิก เพื่อค้นหาปริศนาการโจมตีเรือครั้งนี้ โดยที่ ดร.นิค ก็ไม่ได้รู้เลยว่าใครเชิญตนมาและให้หาอะไร ต่อมา ที่มหานครนิวยอร์ก มหานครที่ไม่เคยหลับใหล สัตว์ประหลาดขนาดยักษ์ก็ปรากฏตัวขึ้นมาจากเกาะแมนฮัตตัน และได้อาละวาดไปทั่วทั้งเมืองในขณะที่ฝนตก ทำให้ผู้คนแตกตื่น อาคารบ้านเรือนพังพินาศ แม้ตัวจะใหญ่แต่ก็หายตัวไปอย่างรวดเร็ว วิคเตอร์ (แฮงค์ อซาเรีย) ช่างภาพของสถานีโทรทัศน์เป็นคนเดียวที่สามารถจับภาพมันได้ และสื่อมวลชนได้ตั้งชื่อมันว่า "ก็อตซิลล่า" ฟิลิปป์ โรช และคณะได้เดินทางมานิวยอร์กโดยไม่บอกกล่าวใครเพื่อปฏิบัติการล่าล้างสัตว์ประหลาดยักษ์ตัวนี้ โดยมี ดร.นิคเป็นผู้ช่วยด้วยวิธีการล่อให้มันปรากฏตัวโดยใช้ปลากองมหึมา ก่อนที่ก็อตซิลล่าจะวางไข่หลายสิบใบในสนามเบสบอลภายในแมดิสัน สแควร์ การ์เด็น