เรื่องราวจะเล่าถึงเด็กชาย คอนโดะ ยูยู อายุ 15 ปี อยู่ชั้นมัธยมต้นปีที่ 3 โดยตัวเขามีความสามารถพิเศษ คือ “พลังที่จะเข้าถึงจิตใจของผู้อื่น” แต่ไม่สามารถ “ปฎิเสธคนอื่นได้” ซึ่งเขาเองก็กังวลเกี่ยวกับบุคลิกที่ไม่พึงประสงค์ของเขา แต่ตัวเขาได้พบกับหญิงสาว “เมกุมิ” ในค่ำคืนอันแสนลึกลับใน “วันเดอร์ฮิลล์” ที่ว่ากันว่าเป็นที่แฮงเอาท์ของเพื่อน ๆ “Team Blackout” ที่สวนสนุกปริศนานี้ มีการดวลการ์ดVanguard ทุกคืน และ คืนนี้จะมีการต่อสู้อย่างจริงจังพร้อมธงประจำทีม นำโดยหัวหน้าทีม “ดันจิ” การต่อสู้ของการ์ดเกม ได้ชักนำยูยู เข้าสู่โลกของการ์ดไฟท์แวนการ์ด โลกที่เขาไม่เคยเห็นมาก่อนโดยไม่รู้ตัว