หลังจากการต่อสู้ครั้งสุดท้ายของ อุลตร้าแมนทริกเกอร์ เมื่อสองปีก่อน ทั่วโลกก็กลับสู่สันติ ทว่าความสงบสุขที่ว่าก็อยู่ได้ไม่นานนัก เมื่อมีสัตว์ประหลาดปรากฏตัวขึ้นบนพื้นโลกอีกครั้ง และในช่วงเดียวกันนั้นเองก็มีผู้บุกรุกลึกลับ ได้ลอบเข้าไปยังซากโบราณสถานที่กระจายอยู่ทั่วโลก ทีม GUTS-Select ที่มีกัปตันคนใหม่ จึงเข้าทำการสืบสวน แต่ที่พวกเขาคาดไม่ถึงก็คือเหตุการณ์ข้างต้นเป็นจุดเริ่มต้นของการต่อสู้ที่มีชะตากรรมของโลกเป็นเดิมพัน