เมื่อลูกเรือยานเอ็นเตอร์ไพรส์ถูกเรียกตัวให้กลับไปยังฐานทัพบ้าน พวกเขาได้พบอำนาจอันน่ากลัวที่ไม่อาจหยุดยั้งได้จากภายในองค์กรของพวกเขาเอง ซึ่งได้ทำการทำลายกองยาน และทุกอย่างที่เป็นความหมายของมัน ทำให้โลกของเราอยู่ในภาวะวิกฤติ เมื่อแค้นส่วนตัวของสะสาง กัปตันเคิร์กได้นำปฏิบัติการล่าหัวตัวร้ายที่จ้องฝ่าไปยังในแดนสงครามโลก เพื่อจับกุมหนึ่งบุรุษผู้ที่เป็นอาวุธมหาประลัยล้างโลกได้ เมื่อเหล่าพระเอกของเราเดินเครื่องเข้าสู่เกมชิงไหวพริบแห่งความเป็นความตาย ความรักจะต้องถูกท้าทาย มิตรภาพจะต้องถูกแตกสลาย และการเสียสละจะต้องบังเกิดขึ้นเพื่อครอบครัวเดียวที่เคิร์กมีเหลืออยู่ นั่นก็คือลูกเรือของเขา