3 ปีหลังจากเหตุการณ์ในกองทัพโคลนส์จู่โจม สาธารณรัฐตกอยู่ในวงล้อมของสงครามแห่งยุคโดยฝ่ายแบ่งแยกดินแดนภายใต้ผู้นำของซิธลอร์ด(ดาร์ธ ซีเดียส) เคานท์ ดูกู และหัวหน้าทางการทหารที่เป็นไซบอร์กของฝ่ายแบ่งแยกดินแดนนายพลกรีวัส(Grevious) แห่งกองทัพดรอยด์ได้แทรกซึมเข้าสู่คอรัสซานท์ (Coruscant)และจับตัวสมุหนายกพัลพาทีน (Palpatine) ซึ่งเป็นผู้นำของวุฒิสมาชิกแห่งกาแลคติก ในขณะที่พวกดรอยด์พยายามหลบหนีออกจากคอรัสซานท์มหาสงครามอวกาศก็ระเบิดขึ้น อัศวินเจไดอนาคิน สกายวอล์คเกอร์ (Anakin Skywalker)และอาจารย์เจไดโอบีวัน เคโนบี (Obi-wan Kenobi) กำลังปฏิบัติภารกิจเพื่อช่วยเหลือสมุหนายก เจไดสู้ตะลุยกองยานของฝ่ายแบ่งแยก ขณะปฏิบัติภารกิจยานของโอบีวันก็ถูกโจมตีโดยบัซดรอยด์และดรอยด์ของเขาอาร์โฟร์-พีวันเซเว่นก็ถูกทำลาย อนาคินพยายามที่จะยิงดรอยด์ให้ออกไปจากยาน ที่สำเร็จเห็นจะมีแต่การยิงให้ที่ทำให้ส่วนปีกยานของอาจารย์ตนเองหลุดออกไปเท่านั้น อนาคินต้องการที่จะช่วยโอบีวันอย่างถึงที่สุด ด้วยความช่วยเหลือจากอาร์ทูดีทูเจไดทั้งสองก็ลงจอดลงบนยานธงของฝ่ายแบ่งแยกดินแดน "อินวิซิเบิล แฮนด์" (Invisible Hand) ได้อย่างปลอดภัย หลังจากอนาคินและโอบีวันฝ่าไปถึงยานธงได้สำเร็จ ขณะที่ทั้ง 2 กำลังต่อสู้กับกองทัพดรอยด์ อาร์ทูดีทูก็ช่วยเหลือพวกเขาจากโรงจอดยานพร้อมกับปกป้องตนเองจากพวกดรอยด์ไปด้วย